Após a construção do modelo, o próximo passo em um estudo de simulação é conduzir experimentos. Na simulação, começamos com uma teoria do porque certas regras de projeto ou gestão são melhores que outras. Baseado nestas teorias, o projetista desenvolve uma hipótese que testa através da simulação. Baseado nos resultados da simulação o projetista extrai conclusão sobre a validade destas hipóteses. Em um experimento de simulação temos variáveis de entrada definindo o modelo. Essas variáveis são independentes e podem ser manipuladas ou variadas. Os efeitos desta manipulação sobre as variáveis dependentes ou de resposta são medidos e correlacionados.
Tal como qualquer experimento envolvendo um sistema com características aleatórias, os resultados da simulação serão aleatórios por sua natureza. Rodar somente uma simulação representa somente uma das várias possibilidades de saída. Isto requer que muitas replicações sejam rodadas para testar a reprodutibilidade dos resultados.
O ProModel provê meios para a condução e experimentos, rodando múltiplas replicações e automaticamente calculando intervalos de confiança. O modelador deve, entretanto, decidir que tipos de experimentações são apropriados.
